El Consell s'estructura en departaments per tal de coordinar, organitzar i exercir les activitats i els serveis que ofereix a la ciutadania i als ajuntaments. Amb aquesta estructura s'aconsegueix l'especialització dels professionals que hi fan feina per tal de garantir la màxima eficàcia i eficiència en la gestió pública.
Cada departament està dirigit per un conseller executiu o una consellera executiva, que té al seu càrrec un equip directiu format per les persones titulars de les secretàries tècniques i de les direccions insulars, que, a la vegada, estan al capdavant de les diferents unitats administratives.